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皕晟简介 >> 临床评价百科 >>医疗器械法规 >>技术审评报告 >> 【技术审评报告】人类FMR1基因检测试剂盒(荧光PCR-毛细管电泳法)(CSZ2200239)
详细内容

【技术审评报告】人类FMR1基因检测试剂盒(荧光PCR-毛细管电泳法)(CSZ2200239)


 

 

 

受理号: CSZ2200239

 

 

 

 

 

 

体外诊断试剂产品注册技术审评报告

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

产品中文名称:人类 FMR1 基因检测试剂盒(荧光 PCR-毛

细管电泳法)

 

产品管理类别:第三类

 

申请人名称:厦门百欧迅生物科技有限公司

 

 

 

 

 

 

 

 

国家药品监督管理局

医疗器械技术审评中心


 

 

 

目 录

 

基本信息 3

 

一、申请人名称 3

 

二、申请人住所 3

 

三、生产地址 3

 

技术审评概述 4

 

一、产品概述 4

 

二、临床前研究概述  7

 

三、临床评价概述 15

 

四、产品受益风险判定  17

 

综合评价意见 19


 

 

 

基本信息

 

一、申请人名称

 

厦门百欧迅生物科技有限公司

 

二、申请人住所

 

厦门市海沧区翁角西路 2032  号厦门生物医药产业园

A17 号楼 4 层之二

 

三、生产地址

 

厦门市海沧区翁角西路 2032  号厦门生物医药产业园

A17 号楼


 

 

 

技术审评概述

 

 

一、产品概述

 

(一)产品主要组成成分

 

本试剂盒含有 FMR1 反应液、FMR1 引物混合液、酶 A、 FMR1 阳性对照和 FMR1 空白对照,详见表 1,具体内容详见

产品说明书。

表 1 产品主要组成成分

 

 

组分名称

 

主要成分

规格  (48 测 试/盒)

规格  (96 测 试/盒)

数量  (管)

FMR1 反应液

脱氧核糖核苷酸、 氯化镁、缓冲液

 

600μL

 

1200μL

 

1

FMR1  引物混合 液

FMR1 特异性引物 溶液

50μL

100μL

1

酶 A

热启动核酸聚合酶

5μL

10μL

1

 

 

FMR1 阳性对照

FMR1 基因 CGG 重复数 10 、19、

29 、32 、54 、74、 118 、>200 之质粒

 

 

20μL

 

 

20μL

 

 

1

FMR1 空白对照

1根TE 缓冲液

1200μL

1200μL

1

注:不同批号试剂盒各组分不可以混用。具体内容详见产品说明书


 

 

 

(二)产品预期用途

 

本试剂盒用于体外定性检测人 EDTA 抗凝外周全血样本提

取基因组 DNA 中 FMR1 基因 5’非转译区的 CGG 重复数。

 

检测结果用于确定 FMR1 基因是否为全突变型,用于脆性

X 综合症的辅助诊断,检测结果仅供临床参考。

 

脆性 X 综合症为常见的遗传性智能障碍疾病之一,发病率 仅次于唐氏综合症,根据统计,此症男性罹病率约 1/4,000,女 性罹病率约 1/5,000- 1/8,000。患者会有严重的智力低下、发育 迟缓、语言障碍和行为问题,包括多动症、自闭症、注意力不 集中或伴有癫痫等。致病原因是 X 染色体上 FMR1 基因 5’非 转译区内发生 CGG  重复次数异常增加,导致维持脑部正常神 经 传 导 的 FMRP  蛋 白 缺 乏 或 减 少。 美 国 医 学 遗 传 学 会 (ACMG)依据 FMR1 基因 CGG 重复次数,定义出 CGG 重复 次数小于 45 为正常型、 CGG 重复次数 45-54 为中间型、 CGG 重复次 55-200 为前突变型及 CGG 重复次数大于 200 为全突变 型, 正常型和中间型不会有临床症状, 前突变型称之为携带

者,全突变型就会成为患者。


 

 

 

(三)产品包装规格

 

48 测试/盒, 96 测试/盒。

(四)产品检验原理

 

本试剂盒采用荧光 PCR-毛细管电泳法,针对人类 FMR1 基因 5’非转译区设计带有 FAM  荧光修饰的特异性引物进行一 管 PCR 扩增反应, 同时产生 CGG 重复区域扩增产物与 FMR1

基因扩增产物。

 

FMR1 基因扩增产物:针对 CGG  重复区域外的序列,设 计特异性引物,所扩增出的片段,包含完整的 CGG  重复序 列,透过检测峰的挑选, 同时利用 FMR1 阳性对照建立标准曲 线,计算出检测样本 CGG 重复数,从而检测 FMR1 基因属于

正常型、中间型、前突变型或全突变型。

 

CGG 重复区域扩增产物: 针对 CGG  重复区域进行扩增, 上游引物黏合 CGG  重复区域内,与标记有荧光基团的下游引 物进行 PCR 扩增, 由于此上游引物可以结合在 CGG 重复区域 各个位置, 故会产生多种大小的扩增产物,每个扩增产物相差

3bp。 PCR  效率随着片段长度增加,效率会降低, 所以当扩增


 

 

 

的 CGG 重复区域越长时, 其 CGG 扩增产物峰的峰值会越低, 而形成每个峰连续相差 3bp  的影子峰(stutter  peaks),即为 CGG  重复区域扩增产物,作为前突变型或全突变型的辅助判 断依据,若影子峰(stutter peaks)延伸超过第一个检测峰群的 FMR1  基因扩增产物, 代表有更大片段的第二个检测峰的

FMR1 基因扩增产物。

 

二、临床前研究概述

 

(一)主要原材料

 

1.主要原材料的选择

 

本产品 的主要原材料包括 引物 、 dATP 、 dCTP 、 dGTP、

dTTP、热启动核酸聚合酶,均为外购的方式获得。

 

自行设计的引物委托专业的合成公司合成; dATP、dCTP、 dGTP、dTTP、热启动核酸聚合酶等均由有资质的原料供应商提 供。通过功能性试验, 申请人筛选出最佳原材料和供应商,同

时制定了各主要原材料质量标准并经检验合格。

 

2.企业参考品和质控品设置情况

 

本产品的企业参考品包括阳性参考品、阴性参考品、重复


 

 

 

性参考品及检测限参考品。

 

阳性参考品共 12 份,涵盖本试剂盒可检出的不同突变的 基因型, 其中中间型 2 例、前突变型 4 例及全突变型 6 例;阴 性参考品 9 份,均为正常型基因样本;最低检测限参考品 12 份,涵盖本试剂盒可检出的不同突变的基因型;重复性参考品 3 份, 中间型、前突变型及全突变型各 1 例。上述企业参考品

均采用细胞系进行提取的基因组 DNA 制备并确认。

 

试剂盒设置有 FMR1 阳性对照与 FMR1 空白对照, FMR1 阳性 对照主要原料为质粒 DNA,含 CGG 重复数为 10、19、29、32、 54、74、118、>200 的 FMR1 基因, FMR1 空白对照主要原料为 1

×TE 溶液,并按照相应的质量标准进行检测合格后使用。

 

(二)生产工艺及反应体系研究

 

本试剂盒的反应体系的研究包括 PCR 反应液中各组份配方 与用量的调整、引物比例的优化、热启动核酸聚合酶用量的确 定;对 PCR 反应条件的研究包括扩增循环数、扩增循环数中各 阶段时间的优化; 毛细管电泳的上机程序;确认 PCR 过程的质

量控制;提取试剂与样本提取的研究包含反应投入量、样本保


 

 

 

存时间、冻融次数、提取重复性及样本加样量的测试,并对产

品适配的两种机型进行研究。

 

通过功能性实验,最终确定了最佳的反应体系。根据试剂 盒中试剂及组见的主要生产工艺的研究结果,确定了最佳的生

产工艺。

 

(三)分析性能评估

 

本产品分析性能评估内容包括准确度、精密度、最低检测

限、分析特异性、适用机型与提取试剂性能的研究。

 

1. 准确度

 

准确度评估样本使用覆盖 FMR1 基因各不同重复数与基因 型的脆性 X 核酸检测国家参考品、企业参考品与临床样本,分 别采用三批次的试剂盒进行检测,并与国外上市试剂盒进行对 比研究, 均能检出相应的重复数与基因型,检测符合率 100%,

试剂盒的准确性符合设计要求。

 

2. 精密度

 

精密度研究使用不同基因型的企业参考品以及临床样本,

将上述样本提取后 DNA 稀释至两个浓度水平进行室内精密度、


 

 

 

试剂盒批内和批间不精密度、操作人员间精密度、实验室间精 密度考察。结果显示同一批试剂盒对不同参考品检测 CGG 重复 数的室内精密度与操作人员间精密度、实验室间精密度,及三 批试剂盒检测不同参考品批内和批间不精密度变异系数 CV 皆

不大于 10%,试剂盒检测精密度良好,符合设计要求。

 

3. 检测限

 

在检测限的研究中,使用三批试剂盒对 15 份阳性及阴性 企业参考品进行检测限考察及验证。检测限考察将各企业参考 品浓度稀释至不同浓度水平,使用三批试剂盒分别对每个参考 品的梯度浓度平行检测 3 次, 初步考察最低检测限浓度为 2.5ng/μL,进一步采用包含不同型别的临床 EDTA 抗凝全血样 本进行考察,提取后的 DNA 样本分别稀释至不同浓度水平,每 个样本的每一浓度均平行检测 20 次,三批试剂盒皆可检出对

应基因型,故进一步以 2.5ng/μL 进行检测限验证。

 

选择一组临床 EDTA 抗凝全血样本进行检测限验证,将临 床样本提取后的 DNA 和所有企业参考品稀释至 2.5ng/μL,每

个参考品检测 20 次,验证结果表明采用 2.5ng/μL 的人基因组


 

 

 

DNA 样本及企业参考品, 皆可检出 CGG 重复数及基因型结果,

且三批次符合率均为 100%。

 

4. 分析特异性

 

在干扰试验中, 申请人对干扰物质研究包含三酸甘油酯、 胆红素、血红素、胆固醇、常见治疗药物进行评价。结果显 示:人 EDTA 抗凝全血样本中常见的干扰物质, 如三酸甘油酯 (500mg/dL)、胆红素(15mg/dL)、血红素(20g/dL)、胆 固 醇 ( 400mg/dL ) , 与 常 见 治 疗 药 物 , 如 西 酞 普 兰 (140mg/ml) 与二甲双胍(3μg/ml) 对本试剂盒不产生干

扰。

交叉反应评价中, 申请人针对与 FMR1 基因相似的 CGG 三 核苷酸重复序列基因,如由 FMR2 基因突变引起的脆性 XE 综合 症(Fragile XE syndrome, FRAXE )、 ATXN3 中杂合的异常 CAG 三核 苷 酸 重 复 扩增 引 起 的 脊 髓 小 脑 性 共 济 失调 三 型 (SCA3)、HTT 基因的 CAG 重复的亨廷顿舞蹈症(HTT), 与相似 症状的唐氏综合征及同位于 X 染色体上的 DMD 基因(杜氏肌营

养不良症)的疾病样本等进行交叉反应评价。结果显示上述疾


 

 

 

病样本均不产生交叉反应。

5. 适用机型

 

Life Veriti PCR 扩 增 仪 、 BIO-RAD T100 PCR 仪 与 3500xL Dx 、3500 Dx 机型为研究对象,对试剂盒的检测限验 证、室内精密度、批内和批间不精密度以及操作人员间精密度 等进行评估,实验结果表明:本试剂盒使用上述各组合的毛细 管电泳仪及 PCR 扩增仪, 检测结果均符合试剂盒研制设计的要

求,能够满足临床实际需要。

 

6. 提取试剂性能研究

 

采用临床样本进行了核酸提取试剂盒性能的研究,根据与 该产品的组合性能研究结果,确定推荐的核酸提取试剂符合检

测需求。

 

(四)阳性判断值研究

阳性判断值研究首先采用重复检测空白对照的方法对背景 噪音进行考察,并采用正常型、中间型、前突变型、全突变型 的样本配制成高、中、低不同浓度的样本进行检测,分别统计

不同片段长度区间产生的峰形与空白对照的背景噪音值进行检


 

 

 

测峰阈值初步研究,对实验数据进行 ROC 曲线分析绘制 ROC 曲 线,设定各片段长度范围的最佳判断值,片段长度小于 350bp 且其检测峰峰高大于 200 时即视为可选取之检测峰,并将检测 峰片段大小用于计算 CGG 重复次数;若检测峰片段长度大于 350bp 且其检测峰峰高大于 45 时视为可选取之检测峰,进一步 结合检测峰选择依据,将目标检测峰片段大小用于计算 CGG 重 复次数, 进而判断样本基因型。 FMR1 空白对照应无扩增产物峰

或检测峰低于判断值。

 

申请人进一步采用临床样本对阳性判断值进行验证,根据 检测峰挑选原则、阳性判断值研究结果并结合重复数计算公 式,并以已知 FMR1 阳性对照 CGG 重复数与所得检测片段长度 结果建立标准曲线计算未知样本重复数, 结果显示所有样本 CGG 重复数和基因型均与国外上市试剂确认结果一致, 基本符

合要求。

 

(五)稳定性研究

申请人对本产品在实际储存条件下保存至成品有效期后的

实时稳定性、使用稳定性、运输稳定性等进行了系统的研究,


 

 

 

确定了在各种条件下试剂的有效保存时间。

1. 实时稳定性

 

连续三批试剂放置于-20±5℃保存,依次考察每批试剂盒 在第 3、6、9、12、14、18、19 个月的性能,结果显示: 外观 符合产品标准要求,阳性参考品、阴性参考品、检测限参考品 与重复性参考品符合相对应的型别。试剂盒在 19 个月内稳定

性良好, 为确保产品检测性能,把试剂盒效期定为 18 个月。

 

2.使用稳定性

 

考察试剂开瓶后在 2~ 8℃ 5 天内、 -20±5℃在试剂盒效 期内及反复冻融 7 次的性能,结果显示: 产品外观符合要求, 阳性参考品、阴性参考品、检测限参考品与重复性参考品符合 相对应的型别。为确保产品性能稳定,要求本试剂盒在首次使 用后,应尽快用完,如需长期保存,再次放置于-20±5℃可保 存至有效期产品性能稳定,但应避免反复冻融(不超过 6

次)。

 

3.运输稳定性

 

试剂盒按正常发货添加适量的-20±5℃预冷冰袋、用泡沫

填充剩余空间后冰袋体积不低于包装总体积的 20%,委托快递 公司发送到三个不同地方的办事处后立即返样并保存至规定条 件,收到返样后、生产后第 13 个月、 19 个月分别取样检测, 结果显示:运输时间 1 周内试剂仍可正常使用且运输后于效期

内亦可正常使用。

 

此外, 申请人对产品的样本稳定性进行了研究。结果显

示,产品性能均能满足产品说明书声称要求。

 

三、临床评价概述

 

申请人分别在浙江大学医学院附属儿童医院、复旦大学附 属儿科医院、湖南省儿童医院、浙江大学医学院附属妇产科医 院、济南市妇幼保健院、柳州市妇幼保健院 6 家临床试验机构 开展临床试验。采用试验体外诊断试剂分别与临床公认的检测 技术 AmplideX PCR/CE FMR1 Reagents 、 实 验 室 参 考 方 法 Southern blot 分析以及脆性 X 综合征临床诊断结果进行比较 研究,评价试验体外诊断试剂临床性能。入组病例以有智力低 下、发育迟缓、语言障碍、注意缺陷多动障碍以及儿童孤独症

等相关症状的男性儿童为主,样本类型为 EDTA 抗凝外周全


 

 血。临床试验共入组受试者 763 例,其中全突变型 79 例, 非

全突变型 684 例。

试验结果显示, 试验体外诊断试剂与 AmplideX PCR/CE FMR1 Reagents 对 比 阳 性 符合 率 100%(95%CI : 95.36% , 100% ), 阴性符合 率 100%(95%CI : 99.44%, 100% ); 与 Southern blot 分析对比阳性符合率 100%(95%CI:95.36%, 100%), 阴性符合率 100%(95%CI:91.80%,100%);与脆性 X 综合征临床诊断结果对比,对于确诊脆性 X 综合征的 50 例 患者本产品检出率 98%,一例假阴性为罕见的 FMR1 基因点突 变导致的脆性 X 综合征, 不属于试验体外诊断试剂检测范

围。

 

此外临床试验共计入组 25 个脆性 X 综合征家系共计 122 名成员, 进行脆性 X 综合征家系研究。结果显示, 所有家系中 携带致病基因(全突变型)的男性成员 38 名,均表现为脆性 X 综合征, 外显率 100%,未携带致病基因的男性成员未见脆性

X 综合征相关表现。

 

综上所述,该产品临床试验设计符合《体外诊断试剂临

床试验技术指导原则》的相关要求。临床试验结果显示该产品

与已上市同类产品一致性较好。

 

四、产品受益风险判定

 

依据“YY/T 0316-2016《医疗器械风险管理对医疗器械的

应用》”,对该产品进行风险分析。

 

(一)受益评估

 

本试剂盒用于体外定性检测人 EDTA 抗凝外周全血样本提 取基因组 DNA 中 FMR1 基因 5’非转译区的 CGG 重复数。检测结 果用于确定 FMR1 基因是否为全突变型, 用于脆性 X 综合症的 辅助诊断,检测结果仅供临床参考,具体临床应用时,临床医 生必须结合病例实际情况判读。本产品临床应用的主要受益在 于:可作为脆性 X 综合症的辅助诊断,对于智力障碍、行为问 题或者部份合并有癫痫的患儿, 能准确诊断同时采用特殊教 育,可加强患儿的学习能力,提高预后。依据现有的临床试验

结果,其对阳性和阴性样本检测临床灵敏度和特异度良好。

 

(二)风险评估

 

申请人对已知危险(源)进行风险评价,按照风险可接受

 

准则判断每个危险(源)的风险是否达到可接受水平,对合理 可行降低的风险、不经过风险/收益分析即判定为不可接受的 风险采取控制措施,并对具体措施进行实施验证, 同时重新对 采取措施后的风险进行估计,确认其风险水平是否可接受。但 为保证用械安全,基于对主要剩余风险的规避,需要在说明书

中提示以下信息:

 

1.预期用途: 用于体外定性检测人 EDTA 抗凝外周全血样 本提取基因组 DNA 中 FMR1 基因 5’非转译区的 CGG 重复数。检 测结果用于确定 FMR1 基因是否为全突变型,用于脆性 X 综合

症的辅助诊断,检测结果仅供临床参考。

 

2.警示及注意事项:产品说明中明确了该产品检验方法的

局限性及使用中的注意事项。


 

 

 

综合评价意见

 

 

 

依据《医疗器械监督管理条例》(国务院令第 739 号)、 《体外诊断试剂注册与备案管理办法》(国家市场监督管理总 局令第 48 号)等相关医疗器械法规与配套规章,经对申请人 提交的注册申报资料进行系统评价, 申报产品符合安全性、有

效性的要求,符合现有认知水平, 建议准予注册。

 

 

 

 

 

 

2024 年 1 月 11  日

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

附件:产品说明书


人类 FMR1 基因检测试剂盒(荧光 PCR-毛细管电泳法)


【产品名称】

人类 FMR1 基因检测试剂盒(荧光 PCR-毛细管电泳法)

【包装规格】

48 测试/盒; 96 测试/盒

【预期用途】

本试剂盒用于体外定性检测人 EDTA 抗凝外周全血样本提取基因 组 DNA 中 FMR1 基因 5’非转译区的 CGG 重复数。

检测结果用于确定 FMR1 基因是否为全突变型,用于脆性 X 综合 症的辅助诊断, 检测结果仅供临床参考。

脆性 X 综合症为常见的遗传性智能障碍疾病之一,发病率仅次于 唐氏综合症,根据统计,此症男性罹病率约 1/4,000,女性罹病率约 1/5,000-1/8,000[1-2]。患者会有严重的智力低下、发育迟缓、语言障碍 和行为问题, 包括多动症、自闭症、注意力不集中或伴有癫痫等。致 病原因是 X 染色体上 FMR1 基因 5’非转译区内发生 CGG 重复次数异 常增加, 导致维持脑部正常神经传导的 FMRP 蛋白缺乏或减少。美国 医学遗传学会(ACMG)依据 FMR1  基因 CGG  重复次数,定义出 CGG  重复次数小于 45  为正常型、 CGG  重复次数 45-54  为中间型、 CGG 重复次 55-200  为前突变型及 CGG 重复次数大于 200  为全突变 型, 正常型和中间型不会有临床症状,前突变型称之为携带者, 全突 变型就会成为患者[2]。

【检验原理】

本试剂盒采用荧光 PCR-毛细管电泳法, 针对人类 FMR1 基因 5’非 转译区设计带有 FAM  荧光修饰的特异性引物进行一管 PCR  扩增反 应,同時产生 CGG 重复区域扩增产物与 FMR1 基因扩增产物。

. FMR1  基因扩增产物:针对 CGG  重复区域外的序列,设计特异性 引物,所扩增出的片段, 包含完整的 CGG  重复序列,透过检测峰 的挑选, 同时利用 FMR1 阳性对照建立标准曲线,计算出检测样本 CGG 重复数,从而检测 FMR1 基因属于正常型、中间型、前突变型 或全突变型,下图为 FMR1 基因全突变型(29/>200)样本结果图。

. CGG 重复区域扩增产物:针对 CGG 重复区域进行扩增,上游引物 黏合 CGG 重复区域内, 与标记有荧光基团的下游引物进行 PCR 扩 增, 由于此上游引物可以结合在 CGG  重复区域各个位置, 故会产 生多种大小的扩增产物,每个扩增产物相差 3bp 。 PCR 效率随着片 段长度增加,效率会降低,所以当扩增的 CGG  重复区域越长时, 其 CGG 扩增产物峰的峰值会越低,而形成每个峰连续相差 3bp  的 影子峰(stutter peaks),如下图所示,即为 CGG 重复区域扩增产 物,作为前突变型或全突变型的辅助判断依据,若影子峰(stutter peaks)延伸超过第一个检测峰群的 FMR1 基因扩增产物,代表有更 大片段的第二个检测峰的 FMR1 基因扩增产物。

image.png 

【主要组成成分】

组分名称

主要成分

规格

(48 测试/盒)

规格

(96 测试/盒)

数量

(管)

FMR1 反应液

脱氧核糖核苷酸、氯化镁、 缓冲液

600μL

1200μL

1

FMR1 引物混合液

FMR1 特异性引物溶液

50μL

100μL

1

酶 A

热启动核酸聚合酶

5μL

10μL

1

FMR1 阳性对照

FMR1 基因 CGG 重复数 10、 19 、29 、32 、54 、74、

118 、>200 之质粒

20μL

20μL

1

FMR1 空白对照

1根TE 缓冲液

1200μL

1200μL

1

注 1:不同批号试剂盒各组分不可以混用。

注 2:需自备厦门百欧迅生物科技有限公司生产的核酸提取试剂(离 心柱法) 备案号:闽厦械备 20200355 号、GeneScan  1200 LIZ  染料分 子量标准品(Applied Biosystems,货号 4379950)、高度去离子甲酰


胺(Applied Biosystems,货号 4311320 、4440753)

【储存条件及有效期】

 

本试剂盒于-20±5℃下避光保存,有效期为 18 个月;开瓶后使用 不影响产品有效期,使用完毕后于-20±5℃保存。应尽量避免反复冻 融,冻融次数不可超过 6  次。采用泡沫箱添加适量的-20±5℃预冷冰 袋、用泡沫填充剩余空间后冰袋体积不低于包装总体积的 20%  密封 运输,运输时间不超过一周,运输温度不高于室温,运输后不影响 产品有效期。生产日期及有效期至见标签。

【适用仪器】

本试剂盒采用毛细管电泳仪进行 PCR 产物分析, 经验证可用的 PCR 扩增仪机型为: Life Veriti PCR 扩增仪与 BIO-RAD T100 PCR 仪; 经 验证 可 用 的 毛 细 管 电 泳 仪机 型 为: Applied  Biosystems®   3500 Dx/3500xL Dx  Genetic Analyzers。

【样本要求】

1. 样本采集

样本类型为 EDTA 抗凝全血,体积应不低于 200μL。

2. 样本保存和运送

样本采集后应及时检测,全血可于 2~8℃保存, 并于 2  周内完成 检测。于-20±5℃保存不超过 2 年,于-70℃以下保存不超过 5  年。样 本避免反复冻融,冻融次数不超过 4 次。

【检验方法】

1. 样本处理 ( 在样本处理区进行)

1.1    取 200μL 全血样本, 厦门百欧迅生物科技有限公司生产的核酸提 取试剂(离心柱法),备案号:闽厦械备 20200355  号进行人类 基因组 DNA 提取。

1.2    提取完的 DNA 样本建议立即进行检测,否则应保存于-20±5℃不 超过 2 年,避免反复冻融。

1.3    经核酸提取试剂(离心柱法)提取完的人类基因组 DNA,进行 PCR  扩增的 DNA  模板要求: OD260nm/OD280nm  的比值应在 1.6-2.0 之间,建议 DNA  浓度为 2.5-50ng/µL,若浓度过高可用 FMR1 空白对照进行稀释。

1.4    如提取完的 DNA 浓度未达要求, 增加全血样本量提取。

2.  扩增试剂配制 (在试剂配制区进行 )

2.1  取出 FMR1 反应液与 FMR1  引物混合液, 于室温解冻, 用震荡器

震荡均匀,以微量离心机短暂离心,使所有液体沉降于管底。 2.2  扩增试剂配制: 按下表配制扩增试剂。

组分

每反应体积

FMR1 反应液

12µL

FMR1 引物混合液

0.9µL

酶 A

0.1µL

总体积*

13µL

*为了减少分液误差,建议在配制扩增试剂时根据样本数量(n)分别取(n+1)人份的反应

液和混合酶。n=待测样本数 + FMR1 空白对 照 1 份+ FMR1 阳性对照 1 份。

2.3  将配制好的试剂用震荡器震荡均匀,用微量离心机短暂离心,使 液体沉降于管底。

2.4  在 PCR 反应管中别加入 13μL 配制好的扩增试剂, 转移到样本处 理区加样。

3. 加样 ( 在样本处理区进行)

3.1 在对应的 PCR  反应管中分别加入 2μL  待测样本、FMR1  空白对

照、 FMR1 阳性对照, 盖上 PCR 反应管盖后,短暂离心。 3.2  转移至核酸扩增区。

4. PCR 扩增 ( 在核酸扩增区进行)

4.1 将 PCR 反应管放入 PCR  扩增仪,按如下方法设定反应程序进行 PCR 扩增。反应体积设定: 15  μL,建议立即进行毛细管电泳分 析,否则应将 PCR 扩增产物保存于-20±5℃,不超过 1 周。

步骤

循环数

温度

时间

1

1

95ºC

5 min

2

10

95ºC

35sec

62ºC

35sec

68ºC

2min

3

20

95ºC

35sec

 


 


62ºC

35sec

68ºC

2min + 20sec/循环

4

1

72 ºC

10min

5

1

4 ºC

∞

5. PCR 产物分析( 在产物分析区进行)

5.1 毛细管电泳仪分析

取 0.5μL PCR  扩增产物、 10μL  3%  GeneScan  1200  LIZ  Size

Standard(以 30μL GeneScan 1200 LIZ Size Standard 加 970μLHi-Di

Formamide 配制,即为 3% GeneScan 1200 LIZ Size Standard),混

匀后 95℃变性 3min,立即放冰上 2min,上机检测,按如下方法

设定反应程序。

仪器

 

电泳胶

毛细

管

长度

Injection time

(sec)

Injection

voltage

(kV)

Run

time

(sec)

Run

voltage

(kV)

3500Dx/3500xl Dx

POP-7

50cm

20

1.6

2700

15

5.2 软件分析:反应程序结束后, 以 GeneMapper  软件对 PCR 扩增产

物进行片段大小分析,分析参数设置和结果分析具体信息请参考

制造商提供的软件操作说明。

【阳性判断值】

1.1 根据下表不同毛细管电泳片段的阈值以及 1.2 所列检测峰选择的准

则,选择每个区域的 FMR1 基因扩增产物的检测峰。

仪器

毛细管电泳片段

140bp-350bp

毛细管电泳片段

大于 350bp

3500Dx/3500xl Dx

200rfu

45rfu

 

1.2 FMR1 基因扩增产物会根据不同的片度大小呈现不同的峰型, 高于

设定阈值的峰根据下表进行 FMR1 基因扩增产物峰筛选。

毛细管电泳

片段大小

FMR1 基因扩增产物范例图

检测峰选择

 

 

 

 

 

 

 

 

<350bp

image.png 

若<350bp 片段内只有一个分叉的 FMR1 基因扩增产物, 且最高峰  为最右边峰,选择相应的最高检 测峰。

       

        image.png

若<350bp 片段内只有 1 个或 1 个 以上间隔 3bp 的检测峰,且最高 峰高于右侧峰 2 倍以上,选择相 应的最高检测峰。

image.png 

若<350bp 片段内有多个分叉的  FMR1 基因扩增产物, 选择所有 分叉峰中最高的检测峰。

image.png 

若最高峰为最右边两个相邻的

峰,且左边峰不高于右边峰的 2  倍,则选择这两个相邻的最高检 测峰。

 

 

 

350~820bp

image.png 

image.png 

若有多个检测峰形成一个检测峰 群,选择最高的检测峰。若高度 相同,选择靠近右侧的检测峰。

image.png 

 

若有多个检测峰群,选择每群中 最高的检测峰。

 

>820bp

image.png 

image.png 

 

选择最高的检测峰。

【检验结果的解释】

1. 质量控制

1.1  FMR1 空白对照:均无检测峰或峰值低于阳性判断值。

1.2  FMR1  阳性对照:具 FMR1  基因 CGG 重复数 10 、19 、29 、32、

54 、74 、118 、>200,共 8 个检测峰,如下图。


数>200)79 例,阴性共计 684 例;结果表明,本产品检测样脆性

X 综合征相关的 FMR1 基因与临床公认检测技术和实验室参考方

法 Southern Blot 方法完全一致。

【注意事项】

1.  严格遵守本说明书操作要求所得结果才能被认为是有效测试。

2.  建议本试剂盒所有使用的仪器设备包括 PCR 扩增仪、毛细管电泳

及微量移液器等均在使用前完成校正。

3.  实验室应严格按 PCR 基因扩增实验室管理规范进行管理,实验人

员必须经过专业培训,实验过程严格分区进行,各区实验用品不

得交叉使用。

4.  对所有的检测样本视为潜在的传染源,样本操作及废弃物处理均

须 符合相关法规要求:卫生部《微生物生物医学实验室生物安全

通用准则》和《医疗废物管理条例》。

【参考文献】

[1] Monaghan KG,  Lyon  E,  Spector  EB,  et  al.  :  ACMG  Standards  and

Guidelines  for  fragile  X  testing:  a  revision  to  the  disease-specific

supplements  to  the  Standards  and  Guidelines  for  Clinical  Genetics

Laboratories  of  the   American   College  of  Medical   Genetics   and

Genomics. Genet Med. 2013;15(7):575-586. 10.1038/gim.2013.61

[2] Sherman, S., B.A. Pletcher, and D.A. Driscoll, Fragile X syndrome:

diagnostic and carrier testing. Genet Med, 2005. 7(8): p. 584-7

【基本信息】

注册人/生产企业名称:厦门百欧迅生物科技有限公司

住所:厦门市海沧区翁角西路 2032 号厦门生物医药产业园 A17 号楼 4

层之二

联系方式:

售后服务单位名称:

联系方式:

生产地址:厦门市海沧区翁角西路 2032  号厦门生物医药产业园 A17

号楼

生产企业许可证编号:

【医疗器械注册证书编号/产品技术要求编号】

【说明书批准及修改日期】


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