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遗传性耳聋基因检测试剂盒(PCR-流式荧光杂交法)(CSZ2200216)受理号:CSZ2200216
体外诊断试剂产品注册技术审评报告
产品中文名称:遗传性耳聋基因检测试剂盒 (PCR-流式荧光杂交法) 产品管理类别:第三类 申请人名称 :广州达安基因股份有限公司
国家药品监督管理局 医疗器械技术审评中心
目 录
广州达安基因股份有限公司 广州市高新技术产业开发区香山路 19 号 广州市高新技术产业开发区香山路 19 号;广州市高新技术 产业开发区荔枝山路 6 号;广州市黄埔区香山路 17 号 B104 号 房。
( 一)产品主要组成成分 本试剂盒主要组成成分包括试剂 I (PCR 扩增试剂):LEL PCR 反应液 A 、 LEL PCR 反应液 B 、 LEL 酶系、LEL 阳性质 控品、 LEL 正常质控品、PCR 空白对照,试剂II(杂交试剂): LEL 多重微球杂交液、LEL 5×显色工作液、LEL 显色稀释液和 杂交空白对照。 (二)产品预期用途 本试剂盒用于体外定性检测新生儿干血斑样本基因组 DNA 中 4 个遗传性耳聋基因中的 17 个位点,包括 GJB2 基因的 35 delG 、176_ 191 del16 、235 delC 、299_300 delAT 、511_512 insAACG 位点、GJB3 基因的 538 C>T 位点、SLC26A4 基因的 1174 A>T 、1226 G>A 、1229 C>T 、1975 G>C 、2027 T>A、 2162C>T 、2168 A>G 、IVS7-2 A>G 、IVS15+5 G>A 位点和线 粒体 12SrRNA 基因的 1494 C>T 、1555 A>G 位点。 该产品检测结果可用于遗传性耳聋的辅助诊断,可作为常 规物理听力筛查的补充,特别是可发现常规物理听力筛查无法 检出的药物性致聋基因携带者和迟发性耳聋基因携带者。存在
部分听力筛查未通过且听力异常,但本产品检测结果为阴性的 情况。检测结果仅代表对部分遗传性耳聋相关基因位点的检测, 不作为诊断和排除遗传性耳聋的唯一标准。如需确诊病例,应 结合患者其他诊断信息对检测结果进行综合判断,或依据相关 的诊疗流程对遗传性耳聋进行诊断。 (三)产品包装规格 24 人份/盒、48 人份/盒。 (四)产品检验原理 本试剂盒基于流式荧光杂交法的原理,针对 GJB2 基因 35 delG 、 176_ 191 del16 、235 delC 、299_300 delAT 、 511_512 insAACG 位点;GJB3 基因 538 C>T 位点;SLC26A4 基因 1174 A>T、1226 G>A、1229 C>T、1975 G>C、2027 T>A、2162C>T 、 2168 A>G、IVS7-2 A>G、IVS15+5 G>A 位点和线粒体 12S rRNA 基因 1494 C>T、1555 A>G 位点共 17 个位点设计 PCR 引物和杂 交探针;利用多重 PCR 技术获得生物素标记的PCR 产物;突变 位点的野生型探针(N)和突变型探针(M)与微珠进行共价交 联;生物素标记的 PCR 产物与微珠上偶联的探针进行特异性杂 交;杂交过程中加入的显色剂能与 PCR 产物上标记的基团发生 亲和反应;经过上机检测,设备能直接获得每种探针对应的信 号值;根据野生型探针与突变型探针的信号比值对检测结果进
本试剂盒添加了相关的防污染组分(尿嘧啶 DNA 糖基化 酶,即 UDG/UNG),其作用机理是选择性水解断裂含有 dUTP 的双链或者单链 DNA 中的尿嘧啶糖苷键,形成的有缺失碱基的 DNA 链,在碱性介质以及高温下会进一步水解断裂,从而被消 除。 (一)主要原材料研究 1.主要原材料的选择 本产品在制备过程中所用的主要原材料包括引物、探针、 热启动 Taq 酶、dNTPs 、UDG 酶、微球、 LEL dpanti-POS、链 霉亲和素藻红蛋白、正常人基因组和耳聋杂合质粒,其中正常 人基因组、耳聋杂合质粒为申请人自行生产,引物、探针、热 启动 Taq 酶、dNTPs 、UDG 酶、微球、LEL dpanti-POS、链霉 亲和素藻红蛋白为外购。 申请人对主要原材料通过功能性试验,筛选出最佳原材料 和供应商,制定了各主要原材料质量要求并经检验合格。 2.企业参考品和质控品的设置情况 申请人设计了完整的企业参考品,包括阳性参考品 17 份、 阴性参考品 6 份、检测限参考品 19 份、重复性参考品7 份。除
1 份阴性参考品由质粒制备而成外,其余 48 份参考品均由临床 新生儿干血斑样本提取的基因组 DNA 制备而成。各项企业参考 品综合用于产品检测准确性、检测限、特异性和重复性评价。 本试剂盒设置了 LEL 阳性质控品、LEL 正常质控品和 PCR 空白对照,用于检测过程中试剂和仪器的质量控制。其中,LEL 阳性质控品为耳聋杂合质粒、LEL 正常质控品为正常人基因组、 PCR 空白对照为纯化水。此外,杂交体系中还设置了杂交监控 探针 POS,用于监控样本杂交是否正常。 (二)生产工艺及反应体系研究 申请人通过企业内部试验确定最佳的生产工艺及反应体 系,包括 PCR 反应液、酶系、多重微球杂交液、5×显色工作液、 显色稀释液和质控品的配液工序、分装工序、组装工序等,同 时对试剂用量、PCR 反应条件、提取方法、杂交反应条件、适 用仪器、样本核酸浓度以及微球与探针的结合工艺等进行研究。 (三)分析性能评估 本试剂盒分析性能评估内容主要包括:核酸提取或纯化性 能、准确度、精密度、检出限、分析特异性等。申请人提交了 有效运行的质量管理体系下生产的产品在适用机型上的性能评 估资料。 1.核酸提取或纯化性能
在核酸提取性能研究中, 申请人评估了提取试剂的纯度和 浓度,并在适用仪器上进行验证,结果表明配套使用的核酸提 取或纯化试剂的核酸提取效果满足产品使用需求。 2.准确度 在准确度研究中, 申请人分别使用三批试剂对企业参考品 及临床样本进行试验验证,企业参考品和临床样本的检测结果 均符合要求,符合率均为 100%。 3.精密度 在精密度研究中, 申请人分别使用三批试剂对中、低浓度 及检测限浓度水平的 5 个常见突变型和野生型的样本进行为期 20 天的检测,结果表明 日内、日间、批内、批间、不同操作者 间、不同地点间的重复性及精密度均符合要求。 4.检出限 在检出限研究中, 申请人分别使用三批试剂对试剂盒检测 范围内 17 个不同位点突变型别的样本进行梯度稀释,对系列浓 度样本分别进行 20 次重复检测, 以所有型别样本符合率均 ≥95%的浓度作为最低检出限,确定该产品的最低检出限为 2 ng/μL;通过对不同位点突变型别的样本进行检测限验证,最终 确认申报产品最低检出限为 2 ng/μL。 在线粒体异质率检出限研究中,申请人使用三批试剂对最
低检测限水平下不同异质率的线粒体突变样本检测,以所有型 别样本符合率均≥95%的异质率确定为本试剂盒的检测限水平 下线粒体异质率;通过对不同线粒体位点突变的样本进行检测 限水平下的异质率验证,最终确认在检测限 2ng/ μL 情况下, 线粒体突变样本的异质率为 50%。 5.分析特异性 分析特异性研究包括交叉反应研究和干扰研究。 在交叉反应研究中, 申请人分别采用三批试剂对核酸序列 相近或具有同源性、待测位点附近的其他突变位点、各基因及 突变位点间、非人类基因组、其他耳聋基因样本进行检测,结 果显示申报产品均无交叉反应。 在干扰研究中, 申请人分别使用三批试剂对样本中可能含 有的干扰物质进行评价, 结果显示含高浓度的胆红素( 20 mg/mL)、甘油三酯(3000mg/dL)、血红蛋白(6g/dL)、胆 固醇(5mg/mL)和白蛋白( 1.0g/dL)的内源性干扰物质对申报 产品的检测结果均无干扰; 复合维生素善存片(最大浓度 40mg/mL)及临床常用的血管紧张素转换酶抑制剂类降压药物 卡托普利(最大浓度 20mg/mL)的外源性干扰物质对申报产品 的检测结果均无干扰。 (四)阳性判断值研究
申请人采用 1886 例新生儿干血斑样本,利用 ROC 曲线法 以及百分位数法对阳性判断值进行确定研究,最终确定本试剂 盒各位点不同基因型的阳性判断值参数。申请人进一步采用临 床样本进行阳性判断值的验证,确认本试剂盒的阳性判断值设 立合理。 (五)稳定性研究 申请人对申报产品的实时稳定性、使用稳定性、运输稳定 性和样本稳定性进行了研究,确定了在各种条件下本试剂盒及 样本的有效保存时间。 货架有效期(实时稳定性)研究:采用三批试剂盒在实际 储存温度条件下:试剂 I(PCR 扩增试剂)保存于-20±5℃,试 剂 II(杂交试剂)避光保存于 2~8℃, 每到一个时间节点取出进 行检测,确定产品在实际储存温度条件下可稳定保存 12 个月。 此外,申请人对申报产品的使用稳定性、运输稳定性和样 本稳定性进行了研究,结果显示产品的性能均满足产品说明书 声称的要求。 本产品在珠海市妇幼保健院、成都市妇女儿童中心医院、 南京市妇幼保健院、长沙市妇幼保健院四家临床试验机构进行 临床试验,对比方法为耳聋基因检测临床参考方法 sanger 测序
法进行比对,入组人群为新生儿。针对临床检测性能研究,入 组病例 10233 例,其中对比方法检测阳性病例 599 例,对比方 法检测阴性病例 9634 例。试验结果显示:本产品与对比方法 对比,阳性符合率为 100%(95%CI:99.36%,100%), 阴性 符合率为 100%(95%CI:99.96%,100%)。针对耳聋基因筛 查试验, 临床试验共入组病例 10156 例,其中对比方法检测阳 性病例 555 例,其中药物性耳聋基因阳性病例 34 例,迟发性耳 聋基因阳性病例 207 例,对比方法检测阴性病例 9601 例,申报 产品与对比方法检测结果阳性一致率:100%(95%CI:99.31%, 100%);阴性一致率 100%(95%CI:99.96%,100%),试验 体外诊断试剂与对比方法检测结果一致性良好。 综上所述,临床试验结果显示本产品的临床性能满足技术 审评要求。 根据 YY/T 0316-2016《医疗器械-风险管理对医疗器械的 应用》对产品进行风险分析。 申请人对已知危险(源)进行风险评价,按照风险可接受 准则判断每个危险(源)的风险是否达到可接受水平, 对合理可 行降低的风险、不经过风险/收益分析既判定为不可接受的风险 采取控制措施,并对具体措施进行实施验证, 同时重新对采取
措施后的风险进行估计,确认其风险水平是否可接受。但为保 证用械安全,基于对主要剩余风险的规避,需要在说明书中提 示以下信息: 1.本产品检测结果仅代表对部分遗传性耳聋相关基因位点 的检测,不作为诊断和排除遗传性耳聋的唯一标准。如需确诊 病例,应结合患者其他诊断信息对检测结果进行综合判断,或 依据相关的诊疗流程对遗传性耳聋进行诊断。 2.警示及注意事项:产品说明书中介绍了该产品检验方法 的局限性及使用中的注意事项。
依据《医疗器械监督管理条例》(国务院令第 739 号)、 《体外诊断试剂注册与备案管理办法》(国家市场监督管理总 局令第 48 号)等相关医疗器械法规与配套规章,经对申请人 提交的注册申报资料进行系统评价, 申报产品符合安全性、有效 性的要求,符合现有认知水平,建议准予注册。
2024 年 12 月 16 日
附件:产品说明书
【产品名称】 通用名称:遗传性耳聋基因检测试剂盒(PCR-流式荧光杂交法)
【包装规格】 24 人份/盒、48 人份/盒 【预期用途】 本试剂盒用于体外定性检测新生儿干血斑样本基因组DNA 中4 个遗传性耳聋基因中的 17 个位点,包括GJB2 (35 delG、176_ 191 del16、235 delC、299_300 delAT、511_512 insAACG 位点)、GJB3(538 C>T 位点)、SLC26A4 (1174 A>T、1226 G>A、1229 C>T 、1975 G>C、2027 T>A、2162C>T 、2168 A>G、IVS7-2 A>G、IVS15+5 G>A 位点)和线粒体 12SrRNA 基因( 1494 C>T 、1555 A>G 位点)突变。 该产品检测结果可用于遗传性耳聋的辅助诊断,可作为常规物理听力筛查的补充,特别是可发现常规物理听 力筛查无法检出的药物性致聋基因携带者和迟发性耳聋基因携带者。存在部分听力筛查未通过且听力异常,但 本产品检测结果为阴性的情况。 检测结果仅代表对部分遗传性耳聋相关基因位点的检测,不作为诊断和排除遗 传性耳聋的唯一标准。如需确诊病例,应结合患者其他诊断信息对检测结果进行综合判断,或依据相关的诊疗流 程对遗传性耳聋进行诊断。 遗传性耳聋是临床上最常见的遗传性疾病之一。根据第六次全国人口普查及第二次全国残疾人抽样调查显示 我国听力残疾者约为 2054 万,占总残疾人口的24%。我国每年新增约 3 万先天性耳聋患儿,另外还将新增3~5 万的迟发性、药物性耳聋患儿, 其中约 60%与遗传因素有关,70%表现为非综合征型耳聋[1]。研究表明, 中国人 群中与耳聋相关常见的致病基因分别为 GJB2 、SLC26A4、线粒体 12S rRNA 及 GJB3[2-3]。GJB2 基因是引起非综 合征型耳聋最常见的致病基因,该基因突变导致的耳聋表型多样,主要表现为先天性耳聋,还可表现为非先天性 语前聋、语后聋及迟发性耳聋,患者需及时明确病因并尽早接受医学干预,否则会错过听力语言康复训练的最佳 时期,最终导致聋哑残疾。SLC26A4 基因是引起迟发性耳聋的主要致病基因之一,与大前庭水管综合征的发生 密切相关。迟发性耳聋患者出生时听力可能正常,若有感冒、颅脑外伤、剧烈运动等诱因,可发展成重度耳聋或 全聋。线粒体 12S rRNA 基因突变患者对氨基糖甙类药物敏感,使用该类药物可导致“一针致聋 ”现象,在临床 上如果不采用基因筛查方法很难在药物致聋前发现,携带该基因突变患者需终身避免使用氨基糖甙类药物[4] 。 GJB3 基因突变主要与迟发性高频听力下降相关,患者需长期密切关注听力状况。 【检验原理】 本试剂盒基于流式荧光杂交法的原理,针对 GJB2 基因 35 delG、176_ 191 del16 、235 delC 、299_300 delAT、 511_512 insAACG 位点;GJB3 基因 538 C>T 位点;SLC26A4 基因 1174 A>T、1226 G>A、1229 C>T 、1975 G>C、 2027 T>A、2162C>T 、2168 A>G、IVS7-2 A>G、IVS15+5 G>A 位点和线粒体 12S rRNA 基因 1494 C>T、1555 A>G 位点共 17 个位点设计 PCR 引物和杂交探针;利用多重 PCR 技术获得生物素标记的 PCR 产物;突变位点的野生 型探针(N)和突变型探针(M)与微珠进行共价交联;生物素标记的 PCR 产物与微珠上偶联的探针进行特异 性杂交;杂交过程中加入的显色剂能与 PCR 产物上标记的基团发生亲和反应;经过上机检测,设备能直接获得 每种探针对应的信号值;根据野生型探针与突变型探针的信号比值对检测结果进行判断。 本试剂盒添加了相关的防污染组分(尿嘧啶 DNA 糖基化酶,即UDG/UNG),其作用机理是选择性水解断 裂含有 dUTP 的双链或者单链 DNA 中的尿嘧啶糖苷键,形成的有缺失碱基的 DNA 链,在碱性介质以及高温下 会进一步水解断裂,从而被消除。
【主要组成成分】
不同批号试剂盒的以上成分不可以互换使用。 需自备的试剂:核酸提取或纯化试剂,仅可使用广州达安基因股份有限公司生产的核酸提取或纯化试剂(粤穗械 备 20170666 号)。 需自备的仪器:(1)全自动核酸提取仪。广州达安基因股份有限公司生产的全自动核酸提取仪(型号:Smart32, 粤穗械备 20140023 号)。(2)扩增/杂交设备:PCR 扩增仪 VeritiTM Dx 96 Thermal Cycler(型号:VeritiTM Dx 96 Thermal Cycler ,厂家:Life Technologies Holdings Pte Ltd,国械注进 20172221549); 质控品说明:LEL 阳性质控品为体外人工合成质粒,LEL 正常质控品为人基因组,使用时应视为具有潜在的传 染性,操作和处理均需符合相关法规要求。 其它:杂交空白对照仅用于协助使用者进行杂交过程污染排查,不作为质控品使用。 【储存条件及有效期】 本试剂盒中试剂 I(PCR 扩增试剂)-20±5℃保存;试剂 II(杂交试剂)2~8℃避光保存;有效期为 12 个月。 试剂盒中试剂 I(PCR 扩增试剂)应避免反复冻融,冻融次数建议不超过 4 次;试剂使用开瓶 8 小时内(开 瓶温度为 10~30℃, 开瓶 4 次以内)其检测性能不受影响;将试剂 I(PCR 扩增试剂)置于-20±5℃冷链箱,试剂 II(杂交试剂)置于 2~8℃冷链箱下运输 96 小时,不影响本试剂盒的检测性能。 试剂盒生产日期及有效期见产品包装标签。
【适用仪器】 液态悬浮芯片检测仪(型号:MagPix,厂家:Luminex Corporation,国械注进 20182222242)、多功能流式 点阵仪(型号:Luminex 200 ,厂家:Luminex Corporation,国械注进 20172221166)
【样本要求】 1. 适用标本类型:新生儿干血斑。 2. 标本采集 按现行新生儿足跟血采集方法进行采集:用无菌干棉球擦去第一滴血,从第二滴血开始取样,将滤纸片接触 血滴,自然渗透至滤纸片背面,自然晾干呈深褐色,送检。 3. 标本保存 样本密封干燥条件下可 2~8℃保存两个月,-20±5℃保存 5 年。 4.样本核酸要求 样本核酸(DNA)纯度要求:OD260/OD280 应在 1.6~2.0 之间;样本核酸(DNA)浓度要求:应在 2~50ng/µL 之间;核酸冻融次数建议不超过 4 次;核酸可在-20±5℃条件下可保存 1 个月。
【检验方法】 1.样本处理和核酸提取(样本处理区) 建议采用广州达安基因股份有限公司生产的核酸提取或纯化试剂(粤穗械备 20170666 号)进行核酸提取, 具体操作步骤请按照试剂盒说明书指引进行。
本试剂盒中的 PCR 空白对照参与提取,用于对环境进行监控;LEL 阳性质控品以及 LEL 正常质控品不参与 提取,用于监测 PCR 扩增体系及探针是否正常工作。 注意:核酸提取或纯化试剂的洗脱液体积为 100µL。 2. PCR 试剂准备(试剂准备区) 从试剂盒中取出LEL PCR反应液A、LEL PCR反应液B和LEL酶系,室温融化后振荡混匀,8,000rpm瞬时离心 后使用。 单人份扩增体系配制如下表:
按上表配制完成后充分混合,分别配制成 PCR 反应管 A 和PCR 反应管 B,瞬时离心以使管壁上的液体全 部离心至管底,之后将 40µL 扩增体系分别分装到独立的PCR 管中,做好标记,备用。 3.加样(样本制备区) 往装有 PCR 反应管 A 和 PCR 反应管 B 的 PCR 管中分别加入 10µL PCR 空白对照、10µL LEL 正常质控品、 10µL LEL 阳性质控品、10µL 提取后的待测样本核酸,盖紧管盖,振荡混匀并瞬时离心后转移至扩增区。 4. PCR扩增(扩增区) 将各反应管放入 PCR 仪,按下列条件在 PCR 仪上进行扩增,PCR 扩增循环条件为: 50℃ 3 分钟;95℃ 15 分钟;94℃ 30 秒→ 55℃ 45 秒→72℃ 30 秒,45 个循环;72℃ 7 分钟。 PCR 扩增完成后,取出扩增产物,备用。 5.杂交操作(通风橱内操作) 5.1 杂交前准备 (1)制备 1×显色工作液 短暂离心 LEL 5×显色工作液,涡旋混匀后再次短暂离心,按每个反应需要 25µL 显色工作液计算,使用 LEL 显色稀释液对 LEL 5×显色工作液进行 1:4 倍稀释,涡旋混匀,短暂离心后 10~30℃避光保存,使用前于 55℃预 热 3 分钟。 注意:1×显色工作液可在 2~8℃避光条件下稳定保存 1 周,显色工作液不宜反复加热。 (2)仪器预热 打开 Luminex 200 或者 Luminex MagPix,预热 30min。 5.2 杂交反应 (1)取出 LEL 多重微球杂交液,涡旋约 30sec 使微珠充分重悬后,按每反应 45µL 分装至 96 孔 PCR 板/八联管 中。 (2)每个样品分别取 2.5µLA 管产物和 2.5µLB 管产物加至各反应孔,总体积 50µL,充分混匀,封板膜密封后 (或使用八联管盖紧盖子),按下列条件进行杂交反应:95℃变性 5min,然后 55℃杂交 15min。此步可在 PCR 仪上进行,反应热循环程序设置为:
注意:杂交空白对照使用方法:在进行杂交过程污染排查时,取 5µL 杂交空白对照加至 45µL 杂交液中, 按杂交反应步骤进行后续操作。 5.3 显色反应 吸取预先预热至 55℃的 1×显色工作液,加入杂交反应液中,每反应 25µL,充分混匀,封板膜密封后,继 续于 PCR 仪上 55℃孵育 15min。 注意:1×显色工作液应预先预热至 55℃, 防止加入显色液后杂交温度变低;加 1×显色工作液的过程应该尽 量快速,防止开盖后 PCR 仪上的反应液挥发及杂交反应温度不稳定。 6.上机检测和结果判读 6.1 上机检测 (1)准备工作 使用 Luminex200 或者 Luminex MagPix 检测前,需提前预热仪器 30min,打开 Plate Heater,使之加热到 55℃。 (2)输入样品信息 打开 Luminex200 或者 Luminex MagPix 软件 Samples 选项,点击 Create New Samples 输入样品信息。具体的 设置步骤参考仪器使用说明书。 (3)检测 将上述杂交显色后的反应板直接放入 Luminex200 或者 Luminex MagPix 仪器检测,读取信号值(Net MFI) 值。 注意:从 PCR 仪取反应板到仪器检测的过程应尽量快速,防止杂交反应液温度降低。 6.2 质量控制 (1)PCR 空白对照:检测结果为所有位点的探针信号值均小于对应的 cutoff 值,所有位点均为低信号。 (2)LEL 阳性质控品:检测结果为 GJB2 基因 35 delG、235 delC 、299_300 delAT 、511_512 insAACG 位点以及 SLC26A4 基因 1226G>A、IVS7-2 A>G 位点均为杂合突变型,试剂盒范围内其余检测位点均为野生型。 (3)LEL 正常质控品:检测结果为试剂盒检测范围内所有位点均为野生型。 (4)杂交监控探针 POS:杂交监控探针 POS 的信号值需大于既定 cutoff 值。 (5)同一次试验中只有 PCR 空白对照、LEL 阳性质控品、LEL 正常质控品、杂交监控探针 POS 同时满足各自 的质量控制,才可以进行样本检测结果的判读。 (6)杂交空白对照:用于杂交过程污染排查。在进行杂交过程污染排查时,杂交空白对照检测结果应为所有位 点均为低信号,否则杂交过程存在产物污染。 注意:若各质量控制中发现测定结果与预期不符,请终止操作,检查仪器、操作和试剂情况。 6.3 结果判读 根据每个突变位点对应的野生型探针与突变型探针的信号值比值(N/M),对检测标本突变基因型进行判断, 判断标准见【阳性判断值】。
【阳性判断值】 本试剂盒的 cutoff 值主要采用 ROC 法计算得到。当 N 或 M 探针的检测信号值大于或等于对应的 cutoff 值时, 判断该样本扩增正常;当杂交监控探针 POS 的信号值大于既定 cutoff 值时,判断该样本杂交正常。 在样本扩增以及杂交均正常的情况下,根据野生型探针与突变型探针的信号值比值(N/M)进行结果判断。 N/M 比值与结果判读的标准见表 1 和表 2。 表 1 N/M 比值与结果判读的标准(适用仪器:Luminex MagPix)
注:若某个位点的 N/M 值不落在任何一个区间范围,则该位点判读结果为灰区,需要进行复检或者使用一代测 序复核。 表 2 N/M 比值与结果判读的标准(适用仪器:Luminex 200)
注:若某个位点的 N/M 值不落在任何一个区间范围,则该位点判读结果为灰区,需要进行复检或者使用一代测 序复核。
【检测结果的解释】 1. 当某位点 N 和 M 探针的检测信号值均小于 cutoff 值时,判断该样本该位点低信号。 2. 当 N 或 M 探针的检测信号值大于或等于对应的cutoff 值时,判断该样本扩增正常;当杂交监控探针 POS 的信 号值大于既定 cutoff 值时,判断该样本杂交正常;在样本扩增以及杂交均正常情况下,根据野生型探针与突变型 探针的信号值比值(N/M)进行结果判断。 3. 由于 1226 G>A 和 1229C>T 两位点仅相距 2 个碱基,故本试剂盒的 1226N 、1229N 共用同一探针的信号值。 当 1226 G>A 或 1229C>T 其中一个位点检测结果判读为纯合突变型时,如检测结果为 1226 G>A 为纯合突变型时, 则表明该区段序列与设计的 1226 G>A 突变型探针序列完全匹配,由于此探针序列中的 1229C>T 位点为野生型, 因此可直接判定 1229C>T 位点为野生型。 4. PCR 空白对照:用于监测 PCR 扩增及杂交过程是否存在污染或非特异信号(用于测定杂交背景值),所有位 点的探针检测信号值均小于各自相应的cutoff 值,所有位点的检测结果均为低信号。 5. LEL 阳性质控品:用于监测 PCR 扩增体系及探针是否正常工作,检测结果为 GJB2 基因 35 delG 、235 delC 、 299_300 delAT 、511_512 insAACG 位点以及 SLC26A4 基因 1226G>A、IVS7-2 A>G 位点均为杂合突变型,试剂 盒范围内其余检测位点均为野生型。 6. LEL 正常质控品:用于监测 PCR 扩增体系及探针是否正常工作,检测结果为试剂盒检测范围内所有位点均为 野生型。 7. 杂交监控探针 POS:添加于多重微球杂交液中的杂交监控探针(偶联于独立微球,其序列与人类基因组无同 源性),为游离的互补核酸片段,用于监测杂交过程。杂交监控探针 POS 的信号值需大于既定 cutoff 值。 8. 结果判读前,请确认杂交监控探针 POS 、PCR 空白对照、LEL 阳性质控品、LEL 正常质控品是否满足各自的 质量控制,才可以进行样本检测结果的判读。 9. 样品检测结果:试剂盒对被检样品中各位点的基因型分别进行判读,每份样品的检测结果包含 17 个位点的基 因型。对于位于常染色体上的位点,每一个位点的检测结果可能有野生型、杂合突变型、纯合突变型、灰区四种 情况;对于线粒体 12SrRNA 上的位点,检测结果可能有野生型、异质突变型、均质突变型、灰区四种情况。 1)以常染色体上 2168A>G 位点在 Luminex 200 设备上结果判别为例,如下表所示:
2)以线粒体 12SrRNA 上 1555A>G 位点在 Luminex200 设备上结果判别为例,如下表所示:
3)检测结果异常时,可参见下表的解决方案进行问题解决:
10.检测结果说明:当检测结果为杂合突变型、纯合突变型、均质突变型、异质突变型时,应报告为耳聋基因筛 查“未通过”,当检测结果为所有位点均为野生型时,耳聋基因筛查结果可报告为“通过”。对基因筛查“未通 过 ”,或者基因筛查“通过 ”但听力筛查“未通过 ”者, 均应建议到具有进一步诊断及遗传咨询资质的医疗单 位进行听力学、影像学和耳聋基因诊断,以进一步明确诊断,获得更准确的遗传咨询和康复指导。
【检测方法的局限性】 1.低于本试剂盒检测限浓度的样品无法检测。 2.除检测范围内的 17 个位点外,本试剂盒不能检测 4 个遗传性耳聋基因的其他位点以及其他耳聋基因。 3.样本检测结果和样本收集、处理、运送及保存质量有关, 其中任何失误都将会导致假阴性结果。如果样本处理 时没有控制好交叉污染,可能出现假阳性结果。 4.若检测范围内某位点附近出现其它突变,检测结果可能为灰区或低信号等,建议采取一代测序方法对该位点复 核。 5.本试剂盒检测结果为野生型时,仅表示所检测的 17 个位点的结果,不排除被检样本有其它耳聋相关位点突变 的可能。 6.12Sr RNA 的位点 1494 C>T 与 1555 A>G 存在于线粒体中,人群中野生型样本>>均质突变型样本>异质突变型 样本。本试剂盒能检测此三种类型样本,但当异质率低于 50%时,不排除样本检测结果为阴性的可能。 7.本试剂盒还增加 1226 G>A 和 1229C>T 同时突变的探针 1226/1229M 用于对异常结果复核,该探针不作为判读 的依据。当存在异常(如灰区复检仍判读失败等、该探针信号比其它阳性探针信号显著升高时) 样本需使用一代 测序法复核。
【产品性能指标】 1.国家参考品检测结果:检测本试剂盒检测范围内的耳聋基因突变检测国家阳性参考品(编号为 P01~P05、 P09~P20),结果符合相应位点基因型别。检测本试剂盒检测范围外的耳聋基因突变检测国家阳性参考品(编号 为 P06~P08)及国家阴性参考品(编号为 N01~N03),结果均为试剂盒检测范围内的所有位点均为野生型。 2.使用本试剂盒检测范围内的样本进行检测限的估计、确定和验证, 最终确定本试剂盒的检测限为 2ng/µL;在检 测限浓度下对线粒体 1494C>T 、1555A>G 位点的异质率进行估计、确定和验证,最终确定本试剂盒在检测限浓 度下线粒体突变样本的异质率为 50%。 3.采用企业参考品和样本进行准确性研究,结果表明试剂盒的准确性为 100%。 4.采用三批试剂进行批内、批间、日内、日间、不同操作者、不同地点间精密度研究,结果表明各阳性样本对应 的阳性位点 N/M 值的变异系数 CV 值均小于 15%,野生型样本检测结果为野生型。 5.根据产品性能评估结果,各位点基因的检测不存在交叉反应。
6.根据产品性能评估结果,含高浓度的胆红素(20 mg/mL)、甘油三酯(3000mg/dL)、血红蛋白(6g/dL)、胆 固醇(5mg/mL)和白蛋白(1.0g/dL)的临床样本对检测结果均无干扰。孕妇产前常服用的复合维生素善存片(最 大浓度 40mg/mL)及临床常用的血管紧张素转换酶抑制剂类降压药物卡托普利(最大浓度 20mg/mL)对检测结 果均无干扰。 7.临床试验入组人群为新生儿,对比方法为耳聋基因检测临床参考方法 sanger 测序法。入组病例 10233 例,其中 对比方法检测阳性病例 599 例,对比方法检测阴性病例 9634 例。试验结果显示: 本产品与对比方法对比,阳性 符合率为 100%(95%CI:99.36% ,100%),阴性符合率为 100%(95%CI:99.96% ,100%)。针对耳聋基因筛 查试验,临床试验共入组病例 10156 例,其中对比方法检测阳性病例 555 例,其中药物性耳聋基因阳性病例 34 例,迟发性耳聋基因阳性病例 207 例,对比方法检测阴性病例 9601 例,申报产品与对比方法检测结果阳性一致 率:100%(95%CI:99.31% ,100%);阴性一致率 100%(95%CI:99.96% ,100%)。筛查试验中,纯合型检 测例数较少,常染色体仅 235delC 、IVS7-2 A>G 位点检出纯合型,其它常染色体位点纯合型未在本次临床试验 中检出。 【注意事项】 1.临床实验室应严格按照《临床基因扩增实验室工作规范》配备设备及操作人员, 应严格按照说明书要求进行操 作; 2.稀释和掺杂其他试剂会导致错误的结果,请勿使用其他厂家的试剂; 3.显色液是光敏感的试剂,装于避光容器内。在试验过程中常规光条件下并不会影响试验结果, 但应避免将之暴 露于不必要的强光下; 4.实验过程严格分区进行,即试剂准备区、样本处理区和 PCR 检测区,各区的白大衣、手套和帽子等不能带入 其它区域,各区仪器设备不能带入其它区域; 5.杂交操作应在通风橱内进行,以避免操作人员吸入有刺激性气味气体; 6.请使用无菌带滤芯吸头,实验中废弃的吸头应弃于含 10%次氯酸的废液缸中;实验全过程必须带一次性手套; 7.实验完毕用 10%次氯酸或 75%酒精清理实验工作台及移液器等相关物品,并用紫外灯照射; 8.不同批号的试剂不得混用,请勿使用过期产品; 9.仅用于体外诊断。 【参考文献】 1.Ouyang XM, Yan D, Yuan HJ, et al. The genetic bases for non-syndromic hearing loss among Chinese. J Hum Genet. 2009 Mar;54(3):131-40. 2.Zhang J, Wang P, Han B, Ding Y, et al. Newborn hearing concurrent genetic screening for hearing impairment-a clinical practice in 58,397 neonates in Tianjin, China. Int J Pediatr Otorhinolaryngol. 2013 Dec;77(12):1929-35. 3.Yuan Y, You Y, Huang D, et al. Comprehensive molecular etiology analysis of nonsyndromic hearing impairment from typical areas in China. J Transl Med. 2009;7:79. 4. Zhao H, Young WY, Yan Q, et al. Functional characterization of the mitochondrial 12S rRNA C1494T mutation associated with aminoglycoside-induced and non-syndromic hearing loss. Nucleic Acids Res. 2005;33(3):1132-1139.
【基本信息】 注册人/生产企业名称:广州达安基因股份有限公司 住所:广州市高新技术产业开发区香山路 19 号 联系方式: 售后服务单位名称: 联系方式:
生产地址:广州市高新技术产业开发区香山路 19 号; 广州市高新技术产业开发区荔枝山路 6 号; 广州市黄埔区香山路 17 号 B104 号房。 生产许可证编号: 【医疗器械注册证编号/产品技术要求编号】 【说明书核准日期及修改日期】 |
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